De geschiedenis beschrijven van een meer dan 100 jarige gemeente is een hachelijke zaak. Zoveel zaken zijn gepasseerd, zoveel personen hebben een rol gespeeld in de loop der jaren in allerlei verbanden dat men bij een poging tot getrouwe beschrijving hiervan het risico loopt belangrijke aspecten te vergeten of de vereiste objectiviteit uit het oog te verliezen. Bovendien vraagt een meer uitgebreide geschiedschrijving inzicht in archieven die, ter wille van de zorgvuldigheid en discretie, beter gesloten kunnen blijven. Mede daarom blijft dit historisch overzicht beperkt tot de ontstaansgeschiedenis van de Christelijke Gereformeerde Kerk van Harderwijk en de rol van deze gemeente bij het ontstaan van diverse gemeenten in de regio.
Afscheiding en Doleantie, twee bewegingen die vanaf 1834 van grote invloed waren op het kerkelijk leven van Protestant Nederland, gingen ook aan Harderwijk niet voorbij. Als gevolg hiervan zag de kerkelijke kaart van Harderwijk er in 1889 als volgt uit: Naast ongeveer 700 rooms-katholieken en 130 Israëlieten was er een afdeling van de Nederlandse Protestanten Bond met ca. 75 leden en telde men ongeveer 5.000 hervormden, ca. 700 gereformeerden en ca. 240 christelijke gereformeerden.
Onder invloed van de Doleantie werd in 1892, landelijk, besloten te komen tot vereniging van de dolerende Nederduits Gereformeerde Kerk en de afgescheiden Christelijke Gereformeerde Kerk . Plaatselijk was men in Harderwijk nog niet zover en ging men verder onder de naam Gereformeerde Kerk A (de voormalige chr. geref. gemeente) en een Gereformeerde Kerk B (de dolerenden). De onderhandelingen over een samensmelting gingen echter onverminderd door en begin 1898 konden de gezamenlijke kerkenraden het onderhandelingsresultaat aan de lidmaten voorleggen. De weerstand tegen de voorstellen was minimaal en vanaf dat moment waren de A en de B kerk verenigd onder de naam: Gereformeerde Kerk. Al was er aanvankelijk weinig weerstand toch bleek spoedig dat niet iedereen zich vinden kon in de opvattingen van de nieuw gevormde kerk. Men name bij het beroepingswerk kwamen de tegenstellingen aan het licht. Al na korte tijd traden de eerste lidmaten uit en sloten zich, met een drietal gezinnen die al meteen niet met de vereniging waren meegegaan, aan bij de Christelijke Gereformeerde Kerk van Elburg.
Gelet op de afstand en de beperkte mobiliteit kon er destijds nauwelijks sprake zijn van een geregelde gang naar Elburg om daar de diensten bij te wonen. Men hield aanvankelijk huisgodsdienstoefeningen maar al spoedig ontstond de behoefte aan een meer geregeld kerkelijk leven. In december 1899 werd een dienst belegd in een gehuurde lokaliteit, voorganger was ds. P.J.M. de Bruin die, omdat de dienst werd gehouden onder verantwoordelijkheid van de kerkenraad van Elburg, was vergezeld door een ouderling uit die plaats. Er werden een ouderling en een diaken gekozen die de eerste kerkenraad zouden gaan vormen en besloten werd op 2 januari 1900 deze broeders in het ambt te bevestigen in een dienst waarin tegelijkertijd de Christelijke Gereformeerde Kerk van Harderwijk zou worden geïnstitueerd.
Na enkele jaren onderdak te hebben gevonden in gehuurde lokaliteiten was de gemeente in 1905 zodanig gegroeid dat men in staat was een herenhuis aan de Hoogstraat te kopen. Dit herenhuis, dat ooit als burgemeesterswoning had dienstgedaan, werd verbouwd tot kerk met aangrenzende pastorie. Al spoedig kon men overgaan tot het beroepen van een predikant en vanaf april 1908 waren ds. J. van der Vegt en zijn gezin de eerste pastoriebewoners. Met name onder invloed van de prediking van deze dominee kreeg de jonge gemeente ook regionaal aantrekkingskracht en sloten zich, onder andere, leden aan woonachtig in Ermelo. Het zal duidelijk zijn dat van deze leden fysiek veel werd gevraagd wat betreft de zondagse kerkgang en een geregelde deelname aan het verenigingsleven. Het autobezit was in die tijd minimaal en bovendien hadden velen moeite op zondag van dit vervoermiddel gebruik te maken.
Het is dan ook niet zo verwonderlijk dat naarmate de groep leden uit Ermelo groeide er de behoefte ontstond om een eigen gemeente te stichten. De kerkenraad van Harderwijk, waar inmiddels ook enkele broeders uit Ermelo deel van uitmaakten, ondersteunde deze plannen en op 20 juni 1933 kon de Christelijke Gereformeerde Kerk van Ermelo worden geïnstitueerd.
Inmiddels hadden zich in 1928 enkele gezinnen afkomstig uit de Gereformeerde Kerk van Nunspeet bij de Christelijke Gereformeerde Kerk in Harderwijk aangesloten. In de dertiger jaren groeide deze groep leden aanzienlijk, dit had alles te maken met spanningen binnen de plaatselijke Gereformeerde Kerk aldaar. Deze spanningen namen zodanige vormen aan dat de gereformeerde pastor-loci, ds. J. Tijmes, in 1936 aangaf dat hij zich, met het overgrote deel van kerkenraad en gemeente wenste aan te sluiten bij het verband van Christelijke Gereformeerde Kerken. De kerkenraad in Harderwijk besloot, nadat men een aantal gesprekken met de leden afkomstig uit Nunspeet had gevoerd, aan de roepende kerk van Aalten te verzoeken een buitengewone classisvergadering bijeen te roepen. Een door de kerkenraad van Harderwijk ingediende instructie terzake dit verzoek wordt ter vergadering besproken en met algemene stemmen wordt besloten ds. Tijmes met zijn kerkenraad toe te laten.Vanaf dat moment bestond er dus in Nunspeet een vrij grote christelijke gereformeerde gemeente met een eigen predikant. Het lag voor de hand dat de leden uit die plaats, die tot dusverre lid waren van de kerk van Harderwijk,zich bij de plaatselijke gemeente aansloten. Al deze gebeurtenissen betekenden geen stagnatie in de groei van de gemeente te Harderwijk. Integendeel, al in 1926 had men de beslissing moeten nemen de pastorie bij de kerkzaal aan te trekken en naar een ander onderdak voor de predikant om te zien. Ten gevolge van een langdurige vacante periode was dit voorlopig minder urgent en duurde het tot 1933 voordat de huidige pastorie aan de Hierdenseweg gebouwd kon gaan worden. Verdere groei, mede, tengevolge van de naoorlogse bevolkingsaanwas van de burgerlijke gemeente maakte dat men rond 1950 wederom met ruimtegebrek te maken kreeg en zich ging bezinnen om te komen tot de bouw van een nieuw kerkgebouw. Zoals gebruikelijk bij dergelijk projecten vroeg alles veel tijd, veel fysieke en financiële inspanningen maar in maart 1960 was men zover dat men het huidige kerkgebouw aan de Laan 1940-1945 in gebruik kon nemen.
Overigens waren er, naast de nieuwbouwplannen, in die periode meerdere zaken die de aandacht vroegen. Nooit had de toenmalige kerkenraad, waaronder veel vissers en oud-vissers, kunnen vermoeden zich ooit met kerkelijk werk te zullen bezighouden in die gebieden waar zij destijds met hun botters voeren en de netten uitwierpen. De aanleg van de IJsselmeerpolders vorderde gestaag en naast evangelisatiewerk onder de dijkwerkers had de kerkenraad van Harderwijk van deputaten de opdracht gekregen de kerkelijke opbouw van Lelystad op zich te nemen. Aanvankelijk ging er daar vier maal per jaar een christelijke gereformeerde predikant voor in gecombineerde diensten. Deze diensten stonden onder verantwoordelijkheid van de kerkenraad van Harderwijk en die zorgde ook voor de aanwezigheid van ambtsdragers. In 1956 werd het aantal “christelijke geref.” zondagen uitgebreid tot zeven per jaar en, de in Lelystad woonachtige, broeder T. van der Vlies werd door de kerkenraad van Harderwijk benoemd tot ouderling met speciale opdracht de bemoeienis met het kerkelijk werk daar te plaatse. Inmiddels had het samenwerkingsverband van de kerken te Lelystad zich beperkt tot een samenwerking tussen de gereformeerde en christelijke gereformeerde broeders en werd besloten drie maal per maand een gereformeerde en éénmaal per maand een christelijke gereformeerde predikant te laten voorgaan. In de loop der tijd vestigden zich meer christelijke gereformeerde gezinnen in Lelystad en nam de, inmiddels geïnstitueerde Christelijke Gereformeerde Kerk van Dronten de bemoeienis met Lelystad over. In januari 1975 werd de Christelijke Gereformeerde Kerk van Lelystad geïnstitueerd.
Al voor de eigenlijke dorpskern van Zeewolde tot ontwikkeling kwam hadden zich in de omgeving een aantal agrarische ondernemers gevestigd, van christelijke gereformeerde huize, die zich aansloten bij de Christelijke Gereformeerde Kerk van Harderwijk. Geografisch was deze kerk het dichtst bij en ook het geestelijke klimaat zoals dat daar werd ervaren sprak hen aan. Naarmate de bouw van het dorp vorderde waren er meerdere nieuwe inwoners die zich als lid te Harderwijk aanmelden. Na verloop van enige tijd werden in de kerkenraad ook enkele inwoners van Zeewolde gekozen en werd dit gebied een wijk van de kerkelijke gemeente Harderwijk. Op 12 augustus 1984 werden er voor het eerst diensten in Zeewolde gehouden in de gemeenschapsruimte van een schoolgebouw. De aanvangstijden werden zo geregeld dat in de ochtenddienst de dominee uit Harderwijk voor kon gaan en in de avonddienst een regionale predikant. Tevens konden op die wijze ook ambtsdragers uit Harderwijk worden ingeroosterd om dienst in Zeewolde te doen. Doordat de ontwikkeling van de burgerlijke gemeente Zeewolde uitermate voortvarend werd aangepakt maakte ook de kerkelijke gemeente een snelle groei door. Overigens niet alleen door groei van binnenuit, destijds was de Christelijke Gereformeerde Kerk het enige kerkgenootschap daar ter plaatse met een reformatorische achtergrond. Dat bracht met zich mee dat ook mensen van andere kerkgenootschappen zich bij vestiging in Zeewolde , in eerste instantie, bij deze gemeenschap aansloten omdat men zich daar het beste thuis voelde. Vestiging van andere kerken met een gereformeerde signatuur bracht enig verloop met zich mee. Desondanks bleef er voldoende basis om in 1985 de beslissing te kunnen nemen een kerkgebouw in Zeewolde te gaan bouwen. Deze beslissing werd wat eenvoudiger gemaakt doordat de Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders, voor de ontwikkeling van maatschappelijke en sociale voorzieningen in de nieuwe polders, een ruim subsidiebeleid kende. Op 26 februari 1988 werd de eerste dienst gehouden in de nieuwe “Maranatha”kerk te Zeewolde. De Christelijke Gereformeerde Kerk van Harderwijk had vanaf dat moment twee kerkgebouwen en vanaf april 1990 ook twee predikanten. Uitgangspunt was te komen tot een zelfstandige Christelijke Gereformeerde Kerk in Zeewolde. Na voorbereidend werk door een tweetal commissies kon aan de leden medio 1995 een voorstel worden voorgelegd om tot splitsing te komen. Een overgrote meerderheid kon hiermee instemmen en in een dienst gehouden op 25 september 1995 werd de Christelijke Gereformeerde Kerk van Zeewolde officieel geïnstitueerd.